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第一章 “计算机辅助药物设计”与MOE概貌1

一、导言1

二、“计算机辅助药物设计”概貌2

三、MOE概貌6

四、知识拓展9

五、本章小结10

六、复习思考题10

第二章 虚拟组合库设计11

一、虚拟组合库设计的运用11

二、组合化学与虚拟组合库设计11

三、虚拟组合库设计方法原理12

四、虚拟组合库设计的操作要领17

五、知识拓展43

六、本章小结45

七、复习思考题45

第三章 生物大分子结构预测46

一、生物大分子结构预测的运用46

二、生物大分子结构测定与生物大分子结构预测46

三、生物大分子结构预测的方法原理47

四、同源模建的操作要领48

五、知识拓展57

六、本章小结61

七、复习思考题61

第四章 定量构效关系62

一、定量构效关系的运用62

二、构效关系与定量构效关系62

三、定量构效关系的方法原理63

四、定量构效关系的操作要领65

五、知识拓展82

六、本章小结88

七、复习思考题88

第五章 药效团模型89

一、药效团模型的运用89

二、活性特征基团和药效团89

三、药效团模型的方法原理89

四、药效团模型的操作要领93

五、知识拓展125

六、本章小结127

七、复习思考题127

第六章 分子对接128

一、分子对接的运用128

二、分子（生化）水平的高通量筛选技术和分子对接128

三、分子对接的方法原理128

四、分子对接的操作要领133

五、知识拓展139

六、本章小结140

七、复习思考题140

第七章 全新药物设计141

一、全新药物设计的运用141

二、片段组学（基于片段的药物设计）和全新药物设计141

三、全新药物设计的方法原理142

四、全新药物设计的操作要领151

五、知识拓展167

六、本章小结168

七、复习思考题168

第八章 分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛169

一、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的运用169

二、体系全部性质测定和分子动力学／随机动力学／蒙特卡洛169

三、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的方法原理170

四、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的操作要领177

五、知识拓展186

六、本章小结187

七、复习思考题187

第九章 MOE中其他实用模块188

一、蛋白-配体相互作用指纹188

二、大分子质子化199

三、抗体同源模建202

四、知识拓展207

五、本章小结211

六、复习思考题212

参考文献213